复旦大学生物医学工程研究始于1972年，是国内起步最早的单位之一。王威琪院士、方祖祥教授上世纪七十年代初就开始电磁血液流量计、B超、心脏起搏器等的研制，是中国生物医学工程历史上的开创性工作。复旦大学2001年起恢复招收生物医学工程本科生；1996年获准设立生物医学工程硕士点，2000年获准设立生物医学工程一级学科博士授予点；2003年获准建立生物医学工程博士后流动站，建立起了从本科到硕士点、博士点、博士后流动站的完整人才培养体系。是上海市重点学科、上海市高校一流学科。
生物医学工程系在紧跟国际发展前沿的同时关注国家健康保健及生物医药产业的重大需求。目前研究方向包括：医学影像与人工智能、医学信号处理与智慧医疗超声、泛心血管智能诊疗方法和系统、传感系统与智慧医疗。近年来取得各类奖励二十余项。
